Ammonium ist einer der wichtigsten Indikatoren für die Wasserverschmutzung.  Bei einem üblichen pH-Wert von Trinkwasser und Flusswasser kommt Ammoniak   ausschließlich als Ammonium vor. Ammonium entsteht bei der Zersetzung nitrathaltiger  organischer Masse durch Mikroorganismen in einer sauerstoffarmen Umgebung. Eine  giftige Wirkung von Ammonium konnte bisher nicht nachgewiesen werden, im Gegensatz  zu Ammoniak. Desweitern entsteht Ammonium auch bei der biologischen Behandlung von  Abwasser. Der Abbau des Ammoniumstickstoffs in Kläranlagen ist besonders wichtig, da  durch Düngermittel immer wieder Stickstoffverbindungen in den Wasserkreislauf gelangen.  Eine Überwachung der Grenzwerte für Ammonium in Swimming Pools ist besonders  wichtig, da dieser 0,1mg/l nicht überschreiten sollte. Bei der biologischen  Abwasserbehandlung ist die Kontrolle der Stickstoffparameter von besonderer Bedeutung  (Ammonium, Nitrat, Nitrit). Die Umwandlung von Ammonium in Nitrat, ist der wichtigste  Schritt bei der biologischen Abwasserbehandlung. Die Höhe der Ammoniumkonzentration  bestimmt die Menge an Sauerstoff die für deren Oxidation nötig ist. Die Leistung einer bio-  logischen Abwasserbehandlung lässt sich aus den Ammoniumkonzentrationen vor und nach  der Oxidation bestimmen.