Amon jest jednym z najważniejszych wskaźników zanieczyszczenia wody.

Przy zwykłym pH wody pitnej i wody z rzek występuje amoniak jedynie jako amon.

Amon powstaje wskutek rozkładu organicznej masy zawierającej azotan przez mikroorganizmy w środowisku ubogim w tlen. Toksyczne działanie amonu dotychczas nie zostało udowodnione, w przeciwieństwie do amoniaku.

Amon powstaje także przy biologicznym oczyszczaniu ścieków. Redukcja amonu azotu w oczyszczalniach ścieków jest szczególnie ważna, ponieważ przez środki nawożące do obiegu wody dostają się związki azotu. 

Kontrola wartości granicznych dla amonu na basenach jest szczególnie ważna, ponieważ jego zawartość nie może przekraczać 0,1 mg/l. Przy biologicznym oczyszczaniu ścieków kontrola parametrów azotu ma szczególne znaczenie     ( amon, azotan, nitryt).

Przekształcenie amonu w azotan jest najważniejszym krokiem w biologicznym oczyszczaniu ścieków. Wysokość koncentracji amonu określa ilość tlenu, która jest potrzebna do utleniania.

Wynik biologicznego oczyszczania ścieków da się określić na podstawie koncentracji amonu przed i po utlenieniu.